KAPAHiFi高保真酶是经过基因工程改造的二代酶,区别于其他的高保真酶和高保真酶混合物,具有高效、快速、灵敏度高、扩增复杂模板等特点。KAPAHiFi在二代测序文库扩增方面,体现出高效、Bias少、覆盖度高、可扩增高GC/AT模板的特点,已经得到世界各大二代测序平台的广泛认可。
甲基化研究时,亚硫酸盐处理将未被甲基化的C转变成U,导致基因片段中存在U。高保真酶因为有修复错配的功能,所以扩增过程中遇到U时会将其认作错误碱基进行切断,导致反应无法继续进行。KAPAHiFi Uracil+是在KAPAHiFi的基础上进行了改造,使其在PCR反应过程中遇到U不会终止反应,保证反应的正常进行。1、主要应用
(1)二代测序中甲基化文库扩增;
(2)其他甲基化研究。
2、技术优势
(1)可扩增含U的基因片段;
(2)快速、高效;
(3)产物Bias少;
(4)可扩增高AT/GC模板;
(5)文库覆盖度高。
3、产品特点
(1)dUTP的存在对扩增无影响
上图:适时荧光PCR扩增含Uracil体系。dUTP对KAPA HiFiUracil+无抑制作用。用SYBR Green荧光定量PCR监测452bp基因的扩增情况,模板10倍梯度稀释(80pM-0.8fM),一组含有0.2mM的Dutp,另一组不含dUTP。扩增用的试剂分别为KAPAHiFi、KAPA HiFi Uracil+、安捷伦Pfu Turbo Cx。结果显示KAPAHiFi在dUTP存在的情况下,显著被抑制,而KAPA HiFi Uracil+则不受影响制。安捷伦Pfu TurboCx则完全被SYBR Green染料抑制,所以没有得到数据,无法呈现出来结果。
(2)高效扩增经过亚硫酸盐处理的人类全基因组文库
亚硫酸盐处理容易造成DNA损伤和降低DNA产物量。所以扩增时,因为抑制剂的存在、高A/T含量、DNA受损伤等因素叠加,导致了PCR产物量偏低、片段尺寸不合适、GCBias等。为了对比KAPA HiFi Uracil+与安捷伦的Pfu TurboCx,我们对比扩增亚硫酸盐处理之后的人类基因组文库,验证文库扩增产量和扩增Bias。用KAPA文库制备试剂盒制备片段长度为200-400bp的人类基因组文库,模板为5 g人类基因组DNA。亚硫酸盐处理之后,用KAPA文库定量试剂盒进行定量,发现约2.7%未转化基因组DNA残留。分别用KAPAHiFi Uracil+和安捷伦 Pfu Turbo Cx扩增未稀释的亚硫酸盐处理后基因组DNA,然后在Bioanalyzer2100上进行分析扩增产物,结果如下图所示。
上面3幅图所示:与安捷伦Pfu Turbo Cx相比,KAPA HiFiUracil+扩增的文库产量更高(图B),扩增批次间Bias更少(图C)。扩增循环数分别为12、14或16个,产物的分析采用Bioanalyzer2100(图A)。
(3)扩增高A/T真菌全基因组文库
上图:与安捷伦Pfu Turbo Cx相比,KAPA HiFiUracil+扩增产物量较高,片段尺寸相对较大。(Bioanalyzer 2100分析)。
如上两图所示:与安捷伦Pfu Turbo Cx相比,KAPA HiFiUracil+扩增甲基化文库优势明显,主要体现在覆盖深度以及扩增高AT/GC模板上。以上两图的结果为寄生虫基因组DNA经亚硫酸盐处理后,分别用安捷伦PfuTurbo Cx和KAPA HiFi Uracil+扩增后经Illumina GAIIx测序后的结果。
(4)进人类甲基化测序:USC Epigenome中心用KAPA HiFiUracil+评价人类基因组甲基化文库测序
KAPA HiFiUracil+提高了人类基因组DNA甲基化测序的质量,尤其AT/GC含量较高的情况。左图:分别用安捷伦Pfu TurboCx和KAPA HiFi Uracil+扩增100ng经过亚硫酸盐处理后DNA模板。
4、产品信息